Nadležni organi koji primenjuju prisluškivanje imaju u svom sastavu, odnosno u sastavu ministarstva kojem pripadaju, jedinice zadužene da kontrolišu da li njihove kolege postupaju u skladu sa zakonom. To su Sektor unutrašnje kontrole policije (koji, takođe, može da vrši prisluškivanje – vidi iznad), Unutrašnja kontrola VBA i Unutrašnja i budžetska kontrola BIA. Primenu prisluškivanja od strane VBA može da nadzire i generalni inspektor vojnih službi bezbednosti u okviru Ministarstva odbrane. I u vojnoj policiji postoji unutrašnja kontrola, na čijem čelu se nalazi vojnopolicijski inspektor.
Organi unutrašnje kontrole mogu da pokrenu kontrolu i po pritužbi građana, ali ne smeju da utiču na akciju koja je u toku. Oni odgovaraju čelnicima organa čije postupanje kontrolišu, njima šalju izveštaj o sprovedenoj kontroli, s predlozima mera koje treba preduzeti ukoliko otkriju nepravilnosti i povrede prava građana. Mogu predložiti i pokretanje disciplinskog postupka ili obaveštavanje javnog tužioca radi krivičnog gonjenja odgovornog lica.
Sektor unutrašnje kontrole u MUP-u samostalno podnosi krivične prijave. Ostali navedeni organi prate da li će čelnici postupiti po njihovim predlozima. Ako se to ne desi, unutrašnja kontrola VBA obraća se Generalnom inspektoru vojnih službi bezbednosti, a može da se obrati i Narodnoj skupštini, dok vojnopolicijski inspektor može da izvesti ministra odbrane i načelnika Generalštaba. Najmanje se zna o unutrašnjoj kontroli u BIA jer je uređena tajnim propisom.