Pored Visokog saveta sudstva, veliku ulogu u upravljanju pravosudnim sistemom ima Ministarstvo pravde, koje vrši značajan deo poslova pravosudne uprave. Poslovi pravosudne uprave koje vrši Ministarstvo su: nadzor nad primenom Sudskog poslovnika; statistička i analitička obrada podataka o radu sudova radi praćenja primene propisa u oblastima koje Ministarstvo normativno uređuje, odnosno izrade propisa, strategijskih, planskih i programskih akata; davanje saglasnosti na Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mesta u sudu; uređenje, razvoj i održavanje pravosudnog informacionog sistema; staranje o smeštajnim uslovima, opremanju i obezbeđenju sudova; razvoj i sprovođenje kapitalnih projekata i drugih programa za pravosudne organe; postavljanje i razrešenje sudskih veštaka i tumača. Prilikom navedenih poslova, Ministarstvo ne zadire u nezavisnost sudija i sudova, niti u obavljanje poslova sudske uprave u nadležnosti predsednika suda.
Jedna od osnovnih nadležnosti Ministarstva pravde u vezi s pravosuđem jeste da ono predlaže obim i strukturu budžetskih sredstava neophodnih za tekuće rashode za sudsko osoblje, održavanje opreme i objekata sudova, rashode za investiciona i kapitalna ulaganja za sudove, uređenje i razvoj pravosudnog informacionog sistema, te vrši raspodelu ovih sredstava